医療法人の類型は、平成２７年４月１日時点で以下のようにまとめることができます。

【医療法人】
・社団医療法人
　　−持分定めのない
　　　　−社会医療法人（旧特別医療法人）
　　　　−特定医療法人
　　　　−その他医療法人
−基金拠出型医療法人

　　−持分定めのある
　　　　−経過措置型医療法人

・財団医療法人
　　　　−社会医療法人（旧特別医療法人）
　　　　−特定医療法人
　　　　−その他医療法人

医療法人は「社団医療法人」と「財団医療法人」の２種類に大別され、このうち社団医療法人は全体の９９％以上（平成２６年３月末時点）を占めています。まず始めに概念としての違いから説明します。

社団医療法人
その実態が社団（一定の目的をもとに集合した人の団体）である医療法人のことです。つまり、病院や診療所等を開設することを目的とした人の集まりで設立される法人であり、通常複数の人から設立のための資金や不動産、医療用機械などの出資を受けて設立されます。

財団医療法人
財産を法人格の基盤としており、個人又は法人が無償で寄付する財産に基づいて設立される法人です。持分が無いため、解散時の財産は国、地方公共団体、他の医療法人のいずれかへ帰属させることとなっています。

条件としては、設立時の社員数や必置機関、拠出財産の額、目的変更の可否などに違いがあります。
社団医療法人は、出資持分の有無という観点からも区別することができます。出資持分とは、出資者が当該医療法人の資産に対し、出資額に応じて有する財産権のことです。つまり、持分定めのある医療法人は、出資者が出資した割合に応じて法人資産の払い戻しを請求できる権利（払戻請求権）持つ法人です。

例えば、出資金４００万円のうち２００万円出資した人は、この法人の純資産の二分の一（例えば、純資産が１億円である場合５０００万円）を払い戻すことができます。しかし、この払い戻しが実質的な配当にあたり、医療法人本来の非営利性と矛盾があったため、平成１９年４月に施行された第５次医療法改正により、平成１９年４月以降に設立する社団医療法人は「持分なし」の社団医療法人しか設立できなくなりました。